Anderlecht plukte Faes in 2012 weg bij de jeugd van Lierse SK. Hij kon daarna rekenen op interesse van Chelsea en Manchester United, maar zijn eerste profcontract tekende hij toch bij Anderlecht. Vanaf het seizoen 2015-2016 begon Faes geregeld mee te trainen met het eerste elftal van de club. Anderlecht verhuurde Faes in het seizoen 2016/17 vanaf de winterstop aan sc Heerenveen. Hij maakte op 1 april 2017 zijn debuut in de Eredivisie. Hij viel tegen Heracles Almelo in de 35e minuut in voor Reza Ghoochannejhad.

Op 13 juli werd bekend dat Excelsior Faes voor één seizoen huurde van Anderlecht. In de zomer van 2018 trok Faes de deur van Anderlecht volledig achter zich dicht en tekende hij een 3-jarig contract bij eersteklasser KV Oostende waar hij Gert Verheyen, zijn voormalige bondscoach van bij de nationale jeugdploegen terug tegenkomt. Het was ook Verheyen die aandrong op zijn komst. Bij Oostende groeide Faes uit tot een vaste pion centraal in de verdediging.